Naturellement, des microorganismes peuvent se retrouver dans l'eau, comme des bactéries, de virus, des protozoaires... dont certains sont pathogènes pour l'homme. Dans les pays occidentaux, les problèmes liés à leur présence sont bien maîtrisés grâce aux contrôles de la qualité microbiologique de l'eau de distribution et aux traitements de désinfection systématisés dès le début du XXe siècle.
La qualité microbiologique de l'eau est évaluée en mesurant la présence de bactéries indicatrices de contamination fécale (entérocoques, E. Coli, coliformes). Dans les eaux de surface, elles sont naturellement présentes en plus grand nombre que dans les eaux souterraines.
La législation actuelle impose l'absence (0 unité formant colonies/100 ml) de ces bactéries indicatrices dans l'eau de distribution, ce qui nécessite des traitements de désinfection.
Parmi ceux-ci, la chloration est un des premiers à avoir été utilisé à grande échelle et reste aujourd'hui le procédé le plus couramment utilisé. Les produits chlorés sont efficaces, faciles à utiliser, et demeurent actifs jusqu'au robinet du consommateur.
Par ailleurs, si l'eau brute est riche en matières organiques, comme certaines eaux de surface, la chloration peut être à l'origine de la formation de sous-produits de désinfection tels que les trihalométhanes (THM), dont les effets sur la santé sont encore mal caractérisés. La Directive européenne a abaissé la norme en matière de THM à 100 ng/l. C'est la raison pour laquelle une unité de nanofiltration a été mise en place ces dernières années afin de traiter les eaux du barrage d'Eupen.
Nanofiltration des eaux d'Eupen (SWDE)
Parmi les autres procédés, l'ozonation est extrêmement efficace. Elle ne produit pas de THM, mais cette technique ne peut assurer la désinfection de l'ensemble du réseau de distribution en raison de la grande instabilité de l'ozone. De même, certains producteurs d'eau utilisent des lampes à Ultraviolets comme procédé de désinfection. Ce procédé est très efficace et n'influe pas sur la qualité organoleptique de l'eau. Le problème est qu'il ne peut prévenir une dégradation microbiologique qui surviendrait par après dans le réseau.
L'efficacité de la désinfection est démontrée par le taux de conformité très élevé des échantillons analysés pour les paramètres microbiologiques : il atteignait 98,5 % en 2012 (les problèmes étant localisés dans certaines régions particulières).
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