Les captages sont menacés en permanence par diverses sources de pollution :
- le rejet d'eaux usées dans les cours d'eau et nappes phréatiques via des puits perdants
- des accidents tels que les déversements d'hydrocarbures, de déchets polluants, les fuites aux citernes de mazout,...
- la contamination par le nitrate ou les pesticides provenant de l'agriculture, des jardins privés ou du désherbage des voies de circulation
- les pollutions industrielles