Les modifications reprises dans le PGDA III concernent le taux de liaison au sol, les périodes et conditions d'épandage, les contrats d'épandage, le stockage des engrais de ferme, la destruction des prairies permanentes, la couverture des sols, les mesures d'azote potentiellement lessivable.
Ces changements ont lieu dans le cadre d'une révision régulière du PGDA en vue d'atteindre les objectifs de la Directive nitrates sur la qualité de l'eau.
A l'exception de certaines mesures entrant en application en 2015 ou 2016, le PGDA III est d'application depuis ce 15 juin.